Trung tâm GDQP&AN trường Đại học Tôn Đức Thắng, tiền thân là Trung tâm Giáo dục thể chất và Quốc phòng Trường Đại học Tôn Đức Thắng được thành lập Theo Quyết định số 508/TĐT-QĐ Ngày 01/06/2009 của Hiệu trưởng Nhà trường.

Ngày 31/03/2017, Hiệu trưởng Trường Đại học Tôn Đức Thắng ra Quyết định số 508/2017/TĐT-QĐ về việc tách và thành lập Trung tâm Giáo dục quốc phòng và an ninh trực thuộc Trường Đại học Tôn Đức Thắng.

Ngày 18/11/2020, Thủ tướng Chính phủ ban hành Quyết định số 1841/QĐ-TTg về việc quy hoạch Trung tâm vào hệ thống Trung tâm GDQP&AN quốc gia thời kỳ 2021 – 2030, tầm nhìn đến năm 2050.

Ngày 23/06/2021, Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam ra Quyết định số 2699/QĐ-TLĐ thành lập Trung tâm GDQP&AN thuộc Trường Đại học Tôn Đức Thắng.